Teologická fakulta byla založena v roce 1991 jako součást nově vzniklé univerzity. Navazuje na kulturní a vzdělávací tradici vyššího teologického a filozofického studia ve městě, která sahá až do počátku 19. století. Moderní a otevřená instituce vzdělává osoby všech generací a motivuje je k osobnímu a odobrnému rozvoji na základě křesťanských hodnot. Ve své vědecké a pedagogické činnosti se v současné době zaměřuje na oblast teologie a filozofie, dále na oblasti sociální práce a pedagogiky. 

Fakultu najdete přímo v centru Českých Budějovic. Její budova disponuje veškerým zázemím pro studenty. Nachází se v ní studentský klub, menza i Knihovna J.P. Ondoka. Studenti nalézají uplatnění v organizacích zaměřených na vzdělávací, výchovné a kulturní činnosti a ve veřejné sféře zejména jako sociální pracovníci a vychovatelé při střediscích volnočasových aktivit. 

Uchazeči o studium mají možnost vybrat si z nabídky bakalářských, magisterských a doktorských studijních programů a také programů celoživotního vzdělávání. Fakulta dále nabízí široké spektrum kurzů a vzdělávacích akcí pro veřejnost. Posluchači mohou například navštěvovat unikátní program s názvem Univerzita pro prarodiče a vnoučata, kde jsou vzděláváni senioři i děti současně, nebo Univerzitu třetího věku, která se zaměřuje především na výuku humanitních a teologickcýh předmětů.