Fakulta rybářství a ochrany vod (FROV) byla založena v roce 2009 a je jedinou svého druhu ve střední Evropě. Navazuje na dlouholetou tradici rybníkářství a chovu ryb v jižních Čechách, ale hlavně na téměř stoletou tradici rybářského výzkumu, reprezentovaného Výzkumným ústavem rybářským a hydrobiologickým ve Vodňanech, který je významnou součástí fakulty. Počtem studentů je FROV nejmenší a délkou existence současně také nejmladší fakultou Jihočeské univerzity. Zájem o studium však jihočeský region výrazně přesahuje, mladí lidé a vědci se sem za vzděláním a badatelskou činností sjíždějí z celého světa. Kolegové v zahraničí ji vnímají jako prestižní výzkumnou a vzdělávací instituci se zaměřením na sladkovodní rybářství, akvakulturu a management sladkých vod. 

Fakulta sídlí současně ve třech jihočeských městech. V Českých Budějovicích najdete Ústav akvakultury a ochrany vod, v jehož posluchárnách a laboratořích probíhá výuka bakalářských a magisterských studentů, ve Vodňanech sídlo děkana fakulty a Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický, jehož součástí jsou i rybochovné a experimentální objekty, a v Nových Hradech Ústav komplexních systémů. Všechny ústavy výzkumně propojuje Jihočeské výzkumné centrum akvakultury a biodiverzity hydrocenóz (CENAKVA), které patří k nejvýznamnějším pracovištím v Evropě. 

Zájemcům o studium nabízí fakulta bakalářský, magisterský a doktorský studijní program. Špičkové vědecké pracoviště s habilitačními a profesorskými právy v oblasti rybářství poskytuje svým studentům vzdělání ve dvou oborech, a to v tradičním oboru Rybářství a také v oboru Ochrana vod. Ve všech třech stupních vzdělání je kladen důraz na jazykovou přípravu studenta. Fakulta rovněž podporuje aktivity a rozvoj svých studentů velkorysým stipendijním programem, zahrnujícím kromě prospěchového stipendia také různé typy mimořádných stipendií pro nadané studenty nebo pro sportovce, a umožňuje svým studentům zapojit se do práce vědeckých laboratoří formou ročníkových projektů nebo brigády.